1． 增加河流形態的空間異質性的原則
如果一個地區充斥著單一的小生物的環境，那么這個地區的生物量就會很少。反之，如果這個地區的生物環境內的空間異質性越高，那么就會創造出更多的小生物的環境，生物的多樣性自然而然就會增加，生物的密度也會提高，整個生態系統就會更加完善。2 1世紀是人類活動日益頻繁的時期，因此許多大規模、持續時間長的治理河流的工程就產生了。但是這些頻繁的人類活動對河流帶來了許多負面的影響，比如：河流生境的多樣性減少，變得單一枯燥。許多自然的河流出現渠道化的現象以及非持續化的現象加重。這些問題使得河流的生態系統遇到不同程度的退化問題。而生態水利工程的出現就是為了解決這一問題，為了提高河流環境的生物多樣性以及恢復周圍的環境。一般人們會對生態水利工程產生一定的誤區，比如認為生態水利工程就是在河流的周圍種植一些花花草草，將周圍進行一定程度的綠化。或者是簡單的認為引進一些魚類和鳥類到河流的生態區。其實，生態水利工程并非只是提高生物的多樣性，而是重點放在河流異質性的提高上。只有提高河流形態的異質性，才會更加符合自然河流的地理學原理，才能為生物的多樣性創造更好的條件。
2． 景觀的尺度和整體規劃原則
對于生態水利工程，不論是規劃還是管理都應該在一定的基礎上進行，比如：大景觀的尺度，長期的保持可持續性。生態水利工程的規劃一定不要在小范圍、小尺度以及時期短的基礎上進行，同時也應該避免零星的規劃和布局。高效率是在進行大景觀規劃時應該注意的原則。對于一些小范圍的生態修復，它的工作效率是很低下的，同時成功的概率也很小。生態系統的整體性很重要，整體性一般比較注重結構和功能，這樣才能有效的掌控整個系統的各個要素以及各要素之間的相互作用。在此基礎上，可以提出修復河流整體的綜合辦法。關于河道生態系統的治理要從整體出發，要將河道水文的修復問題考慮在內，不要盲目的認為河流生態的治理就是保護單一的動物或者是將河流的植被進行修護。
二、河道治理的方案和措施
下面以拉古河的河道治理為例進行分析。對于進入平原的河流段，可以采取的治理和規劃方案是以堤防為主，比如：拉古閘以下的河流段會逐漸過渡到平原。拉古河的河道特點是左岸的地形高于右岸的地形。一般說來，地面會比大多數的斷面設計水位要低出lm 左右，平均低0．5～1．2m，最高時會達到3．5m。值得注意的是，拉古河在左岸的中華寺北橋以上的地勢塌岸很嚴重的地方，因此必須采用護岸這一方法。護岸這一方案主要適用于拉古閘以上的河流段，這些河流段的生態環境是：河道兩岸被山地包圍，而且岸邊很高，設計的水位都會低于大多數斷面的岸邊高程。平均的高值為18-45dm，最大時會高4．4m。這時候，沒有必要修堤，主要是為了應對岸灘的穩定問題。該河段的村莊和農田主要分布在右岸，而且沿著河流，這些村莊和農田都需要保護。由于左岸的村莊分布比較稀疏，經過統計只有小店村到瓦港村口的3km 河段上有村落。因此，剩下的區域沒有必要設置任何的工程項目，可以將這段看做無工程河流段。
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